Громадные пространства Сибири при неразвитости транспортной сети стали ощутимой преградой на пути вовлечения края в общероссийские экономические связи.
Вплоть до конца XIX в. единственной транспортной артерией, ведущей в европейскую часть страны, оставался Сибирский тракт. Центр губернии с северными территориями связывал Енисейский тракт: от Красноярска через Енисейск до Туруханска его протяженность составляла около полутора тысяч верст. Но в 1860-х гг. в связи с началом пароходного движения по Енисею он утратил значение торговой магистрали и служил в основном для почтового сообщения.
Гораздо более оживленным был тракт между Минусинском и Ачинском. По нему проходила хлебная торговля из Минусинского округа в северные волости Ачинского и Енисейского округов, а также в Томскую губернию. Связь между населенными пунктами внутри округов осуществлялась в основном по проселочным дорогам.
Хотя для поддержания дорог привлекались немалые средства, все же их состояние оставалось неудовлетворительным. Современники иронически сравнивали сибирские дороги с «восьмым чудом света». «Море жидкой грязи в распутицу, в сухую погоду пересохшие канавы и кочки, поднимавшиеся на аршин» — так описывала местная газета дорогу близ Красноярска. Она же с возмущением писала о случае, когда обоз с товарами шел из Томска в Красноярск 39 дней.
В этих условиях важное значение имело открытие пароходного движения по Енисею. Первая (неудачная) попытка основать пароходное дело в губернии относится еще к 1845 г., и принадлежала она П. И. Кузнецову. В 1861 г. енисейскими купцами А. С. Баландиным, Кытмановыми, Калашниковыми и Грязновыми была основана частная пароходная компания. И в 1863 г. сошел на воду первый пароход «Енисей». Его корпус был построен талантливым мастером-самоучкой, бывшим крепостным Худяковым. Позднее построили пароход «Опыт» с двигателем мощностью 25 л. с. В 1870-х гг. пароходная флотилия на Енисее увеличилась на два судна: «Николай» и «Александр». Общий объем их грузоперевозок составлял 130 тыс. пудов.
Вплоть до 1880-х гг. пароходное движение осуществлялось только в нижнем течении Енисея (путь к Красноярску преграждали Казачинские пороги). Но в 1881 г. Н. Г. Гадалов приобрел у фирмы «Кнопп» два парохода, «Москва» и «Дальман», с более мощными двигателями, которые успешно преодолели пороги, и с этого времени началось регулярное движение по всему течению Енисея. К 1888 г. пароходный парк на Енисее увеличился до шести пароходов, половина из которых принадлежала фирме Гадаловых, остальные — известному иркутскому предпринимателю И. М. Сибирякову.
С историей судоходства на Енисее связаны попытки устройства Обь-Енисейского канала. В 1872 г. енисейский купец П. Фунтусов организовал на свои средства экспедицию для изучения притоков Енисея и Оби, через которые предполагалось соединить их каналом. Инициатива купца привлекла внимание правительственных кругов, и Министерство путей сообщения разработало проект строительства канала по рекам Озерная, Язевая, Большой и Малый Кае. В 1888 г. по каналу был сделан первый рейс до Енисейска. Несмотря на то, что проект пользовался поддержкой Александра III, у него было много противников, в том числе в лице сибирских предпринимателей, связанных с извозным промыслом. Они опасались, что со строительством канала изменится направление грузопотоков, и это приведет к сокращению их доходов. К 1902 г. финансирование строительства было прекращено.
Почти одновременно с началом пароходства по Енисею стало развиваться пароходное движение на его притоках. По Ангаре до Иркутска ходили пароходы, принадлежавшие А. И. Сибирякову. С 1864 г. начинается движение пароходов по Чулыму. Пионером в этом деле стал тюменский купец И. Тюфин. Его пароход «Сибиряк» с двумя баржами поднялся по Чулыму до Ачинска, положив начало регулярному грузовому и пассажирскому сообщению.
Развитие пароходства в Енисейской губернии значительно отставало по масштабам и формам организации капитала в отрасли по сравнению с соседними губерниями Западной и Восточной Сибири. Так, акционерные компании появляются здесь только перед Первой мировой войной. В 1910 г. возникает «Акционерное общество пароходства на Енисее», учредителями которого стали А. П. Кузнецов, Н. Н. Гадалов, В. И. Карнаков, А. И. Кытманов, А. Баландин, А. Терсков, Н. Пашенных.
В руках компании была сконцентрирована половина всего пароходного парка на Енисее: шесть судов мощностью свыше 200 тысяч л. с. и общей стоимостью 580 тыс. рублей. Монопольное положение компании на рынке позволяло ей завышать фрахты на перевозку грузов, получая монополистическую сверхприбыль, особенно в годы войны. Это привлекло к компании внимание крупных российских предпринимателей. В 1915 г. один из основателей крупнейшей российской пароходной компании «Камво» Д. В. Сироткин учреждает компанию «Енисей» с основным капиталом в 300 тыс. рублей. Правление общества находилось в Нижнем Новгороде.
Развитие пароходства в губернии способствовало ослаблению остроты транспортной проблемы, но не могло снять ее окончательно. С возрастанием в конце 1880-х гг. переселенческого потока в Сибирь она приобретает особую злободневность. Решение транспортной проблемы сибирские власти связывали со строительством железной дороги. В начале 1890-х гг. в связи с общей переориентацией экономической политики на восточные рынки в правительстве был поставлен вопрос о строительстве Транссибирской железной дороги.
Строительство началось в 1891 г. сразу с двух концов — от Челябинска и Владивостока. Колоссальная протяженность (8 тыс. км), невероятно сложные условия сибирского рельефа, множество рек, суровый климат — все это требовало громадных финансовых и трудовых затрат. Но тем не менее уже с 1893 г. строительство шло невиданными темпами — ежегодно прокладывалось по 500—600 км. К концу 1895 г. строительство на Среднесибирском участке, проходившем через Енисейскую губернию, было в основном завершено, и 6 декабря 1895 г. в Красноярск прибыл первый поезд. В следующем году было построено здание железнодорожного вокзала, депо, кузницы и железнодорожные мастерские, ставшие крупнейшим предприятием в губернии.
Однако для соединения Среднесибирского и Восточно-сибирского участков предстояло еще построить мост через Енисей, и 30 августа 1896 г. в Красноярске состоялась его торжественная закладка. Подрядными работами на строительстве руководил красноярский инженер Е. К. Кнорре, а инженерно-технический проект принадлежал талантливому российскому ученому-мостостроителю Л. Д. Проскурякову. Он предложил новаторскую идею длинных мостовых ферм, благодаря чему конструкция становилась более экономичной. После демонстрации макета моста на международной выставке в Париже в 1900 г. Проскуряков получил золотую медаль. Отметим, что такой же награды был удостоен автор знаменитой Эйфелевой башни.